1/ Connectivites		Lupus érythémateux disséminé, polyarthrite rhumatoïde, lupus discoïde, sclérodermie, polymyosite, dermatomyosite, syndrome de Gougerot-Sjögren.
2/ Maladies auto-immunes des glandes endocrines		Thyroïdite de Hashimoto, maladie de Basedow, myxoedème primitif, diabète insulino-dépendant, maladie d'Addison et hypothyroïdie idiopathique, hypophysite auto-immune, ménopause précoce.
3/ Maladies auto-immunes de la peau		Pemphigus, pemphigoïde bulleuse, dermatite herpétiforme
4/ Maladies auto-immunes du tube digestif		Anémie de Biermer, maladie de Crohn, rectocolite hémorragique, intolérance au gluten, entéropathie auto-immune de l'enfant, pancréatite, hépatite chronique non virale, cirrhose biliaire primitive, cirrhose idiopathique, cholangite sclérosante.
5/ Maladies auto-immunes du système nerveux		Sclérose en plaques, polynévrite, encéphalite de la vaccination antirabique.
6/ Maladies auto-immunes de l'oeil		Endophtalmie phako-allergique, uvéo-rétinite, ophtalmie sympathique
7/ Maladies auto-immunes des cellules du sang		Anémie hémolytique, thrombopénie, leucopénie, érythroblastopénie, certaines vascularites
8/ Maladies auto-immunes du rein et/ou du poumon		Glomérulonéphrite, néphrite interstitielle, syndrome de Goodpasture, fibrose pulmonaire interstitielle diffuse idiopathique.
9/ Autres		Myasthénie, stérilité masculine, vascularite type maladie de Wegener, cryoglobulinémie, syndrome de Dressler (syndrome postcardiotomie), cardite du rhumatisme articulaire aigu, alopecia areata, vitiligo, polychondrite récidivante, certains surdités et vertiges de Ménière.